修复水生态仅仅改善水质指标是不够的，还需要重建生物群落。生物的新陈代谢活动驱使物质循环，形成水体的自我净化能力。具备这种能力的水体才具有较为稳定的生态系统和良好的自然景观水环境是我们赖以生存的自然条件，污染物排放是我国江河湖泊水质恶化和生态灾变的主要根源。
　　加强生态理念的宣传，做好水环境科学的普及。科学普及的对象要抓住关键人群，首先是全国的河湖长，其次是相关部门和社会公众，通过上岗培训、参观示范、媒体传播、学校教育等途径，把水生态和水环境的道理讲明讲透，使之深入人心并指导实践。
　　引入生态因子，进一步完善内陆水体的评价指标体系。推行生态评价标准可分两步走，第一步仍以水质作为主要评价指标，但以生态指标作为参考，矫正评级结论的偏差；第二步全面推行水质和生态的综合评价标准体系，作为水体考核评级的依据，同时为新标准的推行准备好监测技术力量。